Z-Gundam s'achève en UC0088 en laissant les armées fédérales décimées et celles de l'AEUG exangues. Les forces de Zion, reconstituées depuis la fin de la première guerre, profitent de la situation. Elles lancent une attaque contre la fédération à partir de leur nouvelle base, l'astéroïde Axis, fondation de leur nouveau Duché, Néo Zion.

Bizarrement, après sa victoire sur les Titans, l'AEUG assure la protection de la fédération et s'interpose devant Néo Zion. Les nouveaus héros sont menés par le Newtype Judoh Ashida, digne successeur de Camille Bidan aux commandes du Zêta Gundam puis pilote du ZZ-Gundam ( d'où le nom de la série ou l'inverse!). Ce troisième nous narre l'affrontement entre l'AEUG et Néo Zion qui se solde finalement par la chute du nouveau Duché.

L'histoire s'inscrit bien dans la continuation de celles des deux séries précédentes. Ce volet présente aussi des améliorations techniques comme une animation plus soignée par exemple.

En revanche, nous notons l'absence des personnages qui ont fait de Gundam une légende, des personnages comme Aznable ou Rei. Seuls, Noah et une poignée de personnages secondaires reprennent du service pour aider le nouveau groupe de combattants. De plus, l'atmosphère est plus légère: cela finit bien pour tous les héros et très mal pour leurs ennemis. Bref, le scénario est moins captivant.