L'AEUG est dissoute et un nouveau corps fédéral, Rondo Bell, est créé. Le vétéran Bright Noah est nommé à la tête de cette organisation. Sa mission est de prévenir toute nouvelle attaque de la part des survivants de Néo Zion. Rondo Bell a recruté beaucoup de vétérans des premières guerres et Amuro Rei évolue à nouveau parmi eux.

Le mystérieux Char Aznable, porté disparu dans Z-Gundam, réapparaît. Il réorganise les forces de Zion en s'alliant avec les rescapés de Néo Zion et les anciens partisans de Zion Zum Deikun. Le Duché est restauré sur Side-3 avec Aznable à sa tête. Un nouveau conflit éclate aussitôt avec le gouvernement fédéral qui envoie le corps Rondo Bell affronter les forces secessionnistes. La première bataille se solde par un fiasco et la destruction totale de Lhassa au Tibet. La ville a été pulvérisée par une grosse météroïte projetée sur la Terre par les vaisseaux de Zion.

Parallèlement, des pourparlers secrets sont engagés sur Side-1 entre Char Aznable et une délégation de la fédération. Aznable propose le désarmement de sa flotte et la fin du conflit en échange de l'annexion au Duché de l'astéroïde Axis ancienne forteresse de Néo Zion. La délégation corrompue accepte ces conditions. Au même moment, Quest Palaya, la fille du chef de la délégation, rallie le camp de zion. Elle se révèle une excellente Newtype et est engagée comme pilote de Mobile Suit.

En vérité, Char a mis au point un plan diabolique. Il désire se rendre maître d'Axis de telle sorte que l'astéroïde puisse être envoyé à tout moment sur la Terre. Avec un tel moyen de pression entre ses mains, Aznable pense conclure rapidement une paix avantageuse. Finalement Zion provoque une diversion pour éloigner Rondo Bell et s'empare d'Axis par la force. Axis commence à être dirigé vers la Terre lorsque les forces fédérales reviennent à la charge. Une lutte sans merci s'engage pour le contrôle de l'astéroïde. Celui-ci échappe hélas au contrôle des deux camps et est parti définitivement pour percuter la Terre.

L'un des premiers longs métrages de Science Fiction à gros budget et de qualité, est le film de Macross, Ai o boeteimasuka (Te souviens-tu de l'amour?). Char's Counter Attack en est un autre. Les auteurs ont eu la bonne idée de mélanger des vétérans impitoyables comme Aznable avec des novices comme Quest Paraya. Les anciens ont perdu leurs illusions et sacrifient leurs amis au nom de la cause tandis que les novices essayent de comprendre le pourquoi de cette longue guerre.

Des combats épiques, des passages dramatiques, de jolis mechas, des couleurs vives et une animation de bon niveau : voilà ce qui caractérise cet anime.